De eerste dorpen en nederzettingen op Kreta dateren waarschijnlijk uit een prekeramische tijd rond het jaar 6000 v.C. en rond 4000 v.C kwam de landbouw naar het eiland vanuit de culturen in Anatolië en Syrië. Deze culturen raakten vermengd met groepen verzamelaars en jagers die op de vlucht waren voor het ijs dat over de Egeïsche Zee trok. De zogenaamde cultuurdrift ontstond in Anatolië en Killkia, die keramiek, landbouw, inheemse kledij gebruiken en zelfs taal en religie verspreidde naar het Egeïsche gebied.

De tijd vóór de bouw van het enorme paleis op Kreta staat bekend als de Vroege Minoïsche Periode, die de Steen-Koper-periode en de late Bronstijd (2800 – 2200 v. Chr.) samenvat. Uit deze periode zijn enkele gesmede dolken en bewerkte vaten gevonden. Tegelijkertijd ontstonden in sommige oostelijke gebieden van de Middellandse Zee ontwikkelde culturen die op de een of andere manier verwant waren aan de Minoïsche cultuur. Enkele daarvan waren de Helleense cultuur, de Cycladische cultuur en volgens sommige bronnen zelfs de Trojaanse cultuur.

In de vroege Bronstijd moet een belangrijke wetenschappelijke opkomst worden benadrukt. De Kretenzers dreven handel met Egypte, Cyprus, Syrië, Anatolië en de Ciclades. Uiteindelijk was er geen groot verschil in de cultuur die zij ontwikkelden en die van het vasteland.

Geografisch gezien kan de Egeïsche Bronstijd in drie verschillende delen worden verdeeld: de Helleense, op het Griekse vasteland, de Cycladische, op de Griekse eilanden, en de Minoïsche, op Kreta.

Rond 2000 v.C., precies in het midden van de Bronstijd, begon de Minoïsche cultuur op Kreta te bloeien. In die tijd kwam de bevolking bijeen en bouwde de eerste stad. De forten uit de vroege Minoïsche tijd werden afgebroken en de eerste paleisconstructies begonnen. De manier van bouwen laat zien dat de mensen zich behoorlijk veilig voelden. De gebouwen waren duur en ze ontwikkelden een stijl waarin metaal werd gebruikt als decoratie. In deze tijd werd ook iets ontwikkeld dat kan worden beschouwd als het eerste alfabet. Dit lineair-A-alfabet werd gebruikt om de producten van de oogst en de handel op te sommen, en het bestond uit verschillende tekens die op een kleitablet werden geschreven.

Een belangrijke factor in de grote rijkdom die de Kretenzers bereikten was de handel en de tussenhandel. In deze sector namen zij de plaats in van alle andere Cycladen. De meest actieve partner was waarschijnlijk Egypte, waarvan de vorsten zich rond 2200 v.C. afsloten van de Griekse overheersing en een eigen regering regelden. In Cyprus, Syrië en de rest van de Cycladen zijn ook tekenen gevonden van goederenhandel met Kreta.

De bloeitijd van het oude midden-Minoïsche paleis was de bloeitijd van het eiland. In deze tijd onderscheidt de Kretenzische cultuur zich van de andere culturen in de Egeïsche Zee en de Cycladen en ontwikkelt zich tot een van de hoge oostelijke mediterrane culturen. Rond 1700 v.C. moesten de Grieken, die al vele jaren vreedzaam op het vasteland van Klein-Azië verbleven, de aanvallen van ruiterstammen uit het noordwesten weerstaan. Zij hadden de koetsen uitgevonden en dit stelde hen in een betere positie in de gevechten met de Grieken. Deze stammen bereikten ook het Midden-Oosten en Egypte en verwoestten een groot deel ervan.

Deze verschrikkelijke aanvallen verbraken de handelsbetrekkingen van Kreta, dat het verlies van zijn belangrijkste handelspartners Syrië, Mesopotamië en vooral Egypte moest aanvaarden en geïsoleerd bleef. Tegelijkertijd (1700 v.C.) werden de paleizen van Knossos, Phaistos en Mallia achter elkaar verwoest. De afwezigheid van enig vijandelijk wapen wijst op een verwoestende aardbeving die ook op andere plaatsen in de Egeïsche Zee grote schade aanrichtte. De daaropvolgende branden hebben het paleis volledig verwoest.