Temistocles, el primer arcon en el ano 493/2 a.C, sospecho que los persas estaban preparando un ataque y aumento el puerto de Pireo haciendolo el mas grande de Atenas. En el 492 a.C los persas, bajo el comando de Mardonio, avanzo a la isla de Tasos en Macedonia. El siguiente ano dieron un ultimatum a las ciudades griegas para subyugarse a ellos. Algunas ciudades lo hicieron, mientras que otras se unieron a Esparta y Atenas para poner freno y resistencia a los persas.  

La primera campana militar relevante entre los persas y los griegos comenzo en 490 a.C. Bajo el comando de los persas Dario y Artafenes, un enorme ejercito llego a la isla de Eritrea. Despues de seis dias de asedio, la ciudad griega finalmente se quemo y el ejercito asento su campamento base alli. Por otro lado, Calimaco y Milciades, quienes estaban al frente del ejercito ateniense, fueron a batallar en la bahia de Maraton, un pequeno canal que lleva a Atenas.  

El ejercito ateniense, mucho mas inferior numericamente, tuvo que pedir ayuda a los espartanos. Pero los persas se dieron cuenta de este punto debil y decidieron atacar antes de que llegasen los refuerzos. Afortunadamente, las circumstancias locales estuvieron a favor de los atenienses, quienes consiguieron forzar a los persas a retroceder a sus barcos. Estos intentaron atacar Atenas desde el oeste, lo cual fallo, y volvieron a Asia Menor. Finalmente Atenas gano la batalla, estaban muy orgullosos de ello y lo recordaron durante mucho tiempo. Despues de esta victoria, Atenas i\ntento mantener su ejercito activo e hizo algunos intentos de conquistar algunas de las islas Cicladas.  

En el aspecto politico, los anos siguientes al 480 a.C fueron una prueba crucial para la nueva constitucion de Clistenes. Hubo muchas luchas por el poder politico, muchos politicos fueron destinados al ostracismo durante estos anos (487-482 a.C). Desde el 487 a.C, los nueve arcontes no fueron elegidos, sino tomados de los 100 demen nominados, de ahi disminuyendo el poder del aeropago.  

Una persona importante de este tiempo fue Temistocles. Convirtio Pireo en el puerto mas grande de Atenas y reforzo la flota Ateniense, conocida por sus maniobras y tacticas.