Veel politieke vluchtelingen emigreerden naar Thebe van waaruit ze de strijd tegen het regime in Athene organiseerden. In 403 v.C. slaagde zij erin de raad van 30 weg te drijven en de democratie te herstellen.
Met het einde van de overheersende positie van Athene, ontstonden er tientallen jaren met verwarrend doolhof van individuele acties, oorlogen en regeringswisselingen. De eerste periode had Sparta het onmiskenbare machtsschip van Griekenland.

In 400/399 v.C steunde Sparta opnieuw de Ionische (Klein-Azië) steden tijdens de strijd tegen de Perzen. Beide rijken, de Spartanen en de Perzen, waren verzwakt door de eerdere oorlogen en interne problemen in hun thuisgebied. Sparta domineerde de strijd vrij snel en zette de Perzen onder druk, die dan op hun beurt de anti-Spartaanse meningen in Griekenland steunden. Als gevolg hiervan ontstond in 395 v.C. een open oorlog tussen de overwinnende machten van de Peloponnesische oorlog. In deze oorlog (van 395-386 v.C), die ook bekend staat als de “Korinthische oorlog“, kozen Athene, Korinthe en Argos de kant van de Thebanen, om te vechten tegen het zich versterkende Sparta. Na eerste overwinningen van Sparta in 394 v.C. bij Nemea en overwinningen van het bondgenootschap in 393 v.C. bij het schiereiland Knidos eindigde de oorlog in een algemeen akkoord. Hierdoor werd de Boeotiaanse staat ontbonden.

In 382 v.C. kwam ook Thebe onder de heerschappij van Sparta, maar kwamen vrij snel weer vrij in 379 v.C. Hierna trokken ze weer op om de nieuw opgerichte bondgenootschap van Chalcidice te vernietigen. In deze periode waren zij op het hoogtepunt van hun macht.