In 499 v.C. werden de Griekse steden in Ionië (Klein Azië) belegerd door de Perzen en ze vroegen allemaal Athene om hulp. Vanaf 547 v.C. breidden De Perzen hun gebied uit tot in Thracië en Macedonië. Ook zorgden ze voor een schuilplaats voor de tiran Hippias, een extra reden voor Athene om in te grijpen.

Athene rukte in 498 v.C. op tot Sardes, maar bij Efeze werden ze volledig verslagen en trokken ze zich terug naar Athene. Miletus vocht nog door tot 494 v.C., maar toen vernietigden de Perzen het volledig en stopte de opstand.

Zo begon ook het conflict tussen Athene en de Perzen, die hen nooit vergaten voor hun steun aan de Ionische steden.