Er regierte lange Jahre mit Weisheit und Geschick. Er vereinigte die vielen kleinen Höfe, Weiler und Gemeinden zum mächtigen Stadtstaat Athen. Er erschuf eine Verfassung die auch er sich zu unterziehen hatte und wurde zum Vorbild vieler anderer Städte. Mit seiner Frau der Amazonen Hippolyte lebte er in einer glücklichen Ehe und sie hatten einen gemeinsamen Sohn den Hippolytos.

Hippolyte starb allerdings bei einem Angriff der Amazonen und so suchte Theseus nach einer Frau mit der er wieder häusliches Glück aufbauen könnte. Er fand es in der Schwester der Ariadne, Phädra. Die Hochzeit der beiden führte zu einem Schutzbündnis zwischen Athen und Kreta. Sie schenkte ihm zwei Söhne, aber sie liebte ihn nicht wirklich. Sie verliebte sich in Hippolyos, Theseus Sohn aus erster Ehe. Dieser war aber so angewidert von der Begierde seiner Stiefmutter und mied sie.

Phädra konnte ihre Niederlage nicht ertragen und erhängte sich. Als Theseus von seiner Reise zurückehrte, fand er sie tot mit einem Brief in der Hand. In diesem beklagte sie sich über die Belästigungen von Hippolytos. Daraufhin verbannte Theseus seinen Sohn aus dem Land. Bald darauf kam eine greise Amme zu ihm und erzählte ihm die Wahrheit, doch da war es schon zu spät. Hippolytos war mit seinem Wagen an der Steilküste verunglückt und lag im Sterben. Nun wandte sich auch das athenische Volk von Theseus ab und jagten ihn aus der Stadt. Er starb auf der Insel Skyros, wo er von dem Koenig Lykomedes in die Tiefe gestürzt wurde. Das Delphische Orakel sagten den Athenern bei einer ehrenvollen Bestattung des Theseus glorreiche Zeiten voraus. So machte sich der Athener Kimon auf die Beine des Theseus zu suchen und fand sie auf der Insel Skyros. So kehrte der Held nach Athen zurück und wurde hier beigesetzt.