Viele politische Flüchtlinge flohen nach Theben in Boeotien von wo aus sie den Kampf gegen das Regime organisierten. 403 v. Chr gelang es ihnen den Rat der 30 Abzusetzen und die Demokratie wiederherzustellen. Mit dem Ende der Athener Vormachtsstellung kamen Jahrzehnte des unübersichtlichen Gewirrs von Einzelvorgängen, vielen Kriegen und Machtverschiebungen. Erst einmal besaß Sparta die unbestrittene Herrschaft in Griechenland.

400/399 v. Chr.unterstützte Sparta die Ionien Städte gegen die erneute Bedrängung der Perser. Beide Großreiche waren nach den Kriegen und Internen Problemen geschwächt, die Perser gerieten allerdings schnell unter Druck und förderten mit Geld und Kriegern antispartanische Stimmungen in Griechenland. Somit kam es 395 v. Chr zum offenen Krieg zwischen den Siegermächten des Peloponnesischen Kriegs. Bei diesem Krieg von 395-386v. Chr. der auch Korinthischer Krieg genannt wird, traten Athen, Korinth und Argos aus Gründen der zunehmenden Machtergreifung der Spartaner auf die Seite der Thebaner. Nach anfänglichen Siegen der Spartaner 394 v. Chr. bei Nemeabach und Siegen des Bündnisses 393 v. Chr. bei der Halbinsel Knidos und einem Seitenwechsel der Perser kam ein allgemeiner Frieden zustande. Dieser führte zur Auflösung des Boeotischen Bundesstaates.

382 v. Chr.geriet auch Theben unter die Macht der Spartaner die um 379v. Chr. sich aber wieder loessten und auszogen, um den neu gegründeten Chalkidikischen Bund zu zerschlagen und erreichten Höhepunkt ihrer Macht.