Teseo reinó durante muchos años con mucha sabiduría. Unió las diferentes cortes y municipios para convertir a Atenas en un estado fuerte. Creó una constitución a la que se subscribió e hizo de Atenas una ciudad ejemplar. Tuvo un matrimonio feliz con su mujer, la amazona Hipólita y madre de su hijo Hipólito.

Su hijo Hipólito murió durante un ataque a las amazonas, así que Teseo comenzó a buscar a otra mujer que lo hiciese feliz. La mujer por la que se decantó fue la hermana de Ariadna, Fedra. Este matrimonio significó la alianza entre Atenas y Creta. Fedra le dio dos hijos, pero ella nunca lo quiso de verdad. De hecho, se había enamorado de Hipólito, el hijo de Teseo, a quien el deseo de su madrastra le asqueaba tanto que siempre la evitaba.  

Con el tiempo Fedra no pudo con el rechazo y se suicido. Teseo la encontró cuando volvió de un viaje, con una carta en la que decía que no podía aguantar mas el acoso de Hipólito. Después de esto, Teseo echó a su hijo de sus tierras. Una enfermera terminó contándole la verdad sobre lo sucedido, pero era ya demasiado tarde: Hipólito había tenido un accidente y había muerto.   

En este punto era el rey quien había sido expulsado de la ciudad por los ciudadanos. Murió en la isla de Esciro, donde el rey Licomedes lo había empujado de un precipicio. Pero el Oráculo de Delfos había dicho que si le daban un funeral decente a Teseo, los atenienses tendrían un futuro glorioso, así que el ateniense Cimón se puso a buscar los restos mortales de Teseo y los llevó a Atenas para enterrarlo.